作为重要的战略储备物资，中央储备棉的储存保管也尤为重要。棉花在进入中央储备棉库之前，需要进行严格的质量检验，包括颜色级、纤维长度、马克隆值、长度整齐度、断裂比强度、轧工质量、含杂率、回潮率等多项指标。棉花的储存条件也十分严格，防火、通风、防潮、防霉变等缺一不可，储棉库房内最高温度不得超过35摄氏度，相对湿度不得超过70%。由于棉花易燃，所以每家棉花储备库都是重点防火单位，库区均配有消防供水系统和专职消防队，时刻保障着棉花储备的安全。